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xmitgcm下载LLC海洋模式数据

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上一节,我们介绍了xmitgcm的LLCreader入门操作,总体上这个工具可以通过网络自动加载门户网站(ECCO)的模式数据,实现对模式LLC4320(PB级)和LLC2160的读取。但还有许多问题尚未解决:
  • • 能否保存数据到本地
  • • 能否按照经纬范围选取数据
  • • 能否选择连续的一段时间(如70天,每小时一个)
  • • 能否做较复杂计算
    $ i4 F0 e. s$ `0 h
本节先介绍怎么通过LLCreader将数据下载本地,并使用GMT绘图。
9 q' Y, L0 O! ~' D9 T, d! S
步骤加载llcreader
9 _: v7 v. h! {) X8 Q& \8 ?- [import xmitgcm.llcreader as llcreader4 l6 [4 y) B$ P7 r! Y' K% d3 f% z
3 A: x8 u0 W0 V6 d% Q# A
初始化模型
因为LLC4320数据体量较大,这里先以LLC2160为例。我们选择Theta进行导出测试。
model = llcreader.ECCOPortalLLC2160Model()% W. `. j! J+ `" G8 O) K7 C

( v$ n1 t, f! ods_sst = model.get_dataset(varnames=['Theta'], k_levels=[0], type='latlon',8 R, E0 ]( f, M# }/ a
                          iter_start=model.iter_start,3 ^5 o8 m0 T- e8 p
                          iter_stop=(model.iter_start + model.iter_step),& t4 O$ j7 e: F3 Q2 r; C
                          read_grid=True)
/ f" T" u/ w% Y! b3 N/ Fds_sst.Theta                          
e17c398cadb9e820fdac5f77c3133fe4.png
ds_sst的数据结构为Xarray的dataset,ds_sst.Theta的数据结构为Xarray的dataarray。可以看到Theta的数据大小是231M,这只是一个1小时快照的单层全球数据,体积不算太大。
58abfadff7631b95c513bd2043e38d04.png

$ L6 D* [; K2 p2 g4 \2 T! i
上图为其coordinates,这是dataarray数据结构的一个关键术语,其中黑色粗体i,j,k,time表示维度坐标(Dimension coordinate),其他为无维度坐标(Non-dimension coordinate)。
; U5 d8 ~, J: Y9 c
绘图查看) j/ l/ Z3 T' I) E3 A% Z- {
3 ^+ |% e  k3 x- B& x, l
temp.Theta.plot()
f270b69e1b4897a0cd47fc89f200ecb6.png
维度坐标i,j作为其x和y轴,另一维度time和k(深度0)出现在标题上。
因为LLC为特殊的网格结构,这里暂时不能直接实现地理绘图。后面会对此进行单独介绍。
: L* o) X8 S0 a
保存 .to_netcdf()- j/ q7 Z1 z7 r
to_netcdf()是Xarray内置的函数,可将数据保存为nc格式。注意数据保存和llcreader函数无关,llcreader的主要作用是在线获得LLC模式数据,并转化成Xarray特有的数据结构,后面所有的操作都是使用Xarray,因此有必要对Xarray做全面的学习。后面会对此介绍。
ds_sst.Theta.to_netcdf('myfile.nc')
上述命令可以将Theta参数保存。通过panoply可以绘图展示SST参数的全球分布:
91cc1704eec295e82dba5dc4b4ea2558.png
删除不重要的坐标0 G2 q2 i/ P# {; c
但可以发现保存的文件大小是2.5G,远远超过了其自身大小,这是什么原因呢?
27bd7c12fcde88ccd1396cf073f4d373.png

# @4 O0 l( R% A; L+ l原来是把无维度坐标全部保存了,这些坐标其实也是数据,因此占用很大空间。一共有11个这样的2D坐标,再加上Theta,数据体积就达到2.5G了。( c9 P+ P' I! N8 X
6 q& P3 a- P0 s) l
d403e8d05dabb82f32cb37999f6e03f8.png
这些无维度坐标可以删去:
ds_sst.Theta.reset_coords() # 将无维度坐标转为变量(不删除)
9 D" ~7 m; S4 H, ]! d, rds_sst[["Theta"]].reset_coords(drop=True) # 将会删去无维度坐标
976ce67a006158504eefcf096d561940.png
若想保留某些坐标,比如经纬度XC,YC:
ds_sst.Theta.reset_coords()[["XC", "YC","Theta"]]
上面使用了[[ ]]做变量的筛选。
然后保存:
ds_sst[["Theta"]].reset_coords(drop=True).to_netcdf('myfile2.nc')
; ]5 P8 y* C) F0 L) uds_sst.Theta.reset_coords()[["XC", "YC","Theta"]].to_netcdf('myfile3.nc')
这样,数据体积就小了,其中myfile2.nc仅包含Theta,大小213M。

1 q8 t* k8 o/ t7 ~: T# P- h* a9 u+ ]
GMT绘图7 q& G; w4 p5 ]$ U* f( N( Z
GMT绘图比ython自带函数更加强大,既然已经下载到本地,则看一下GMT绘图效果:
gmt begin ex02 png) \7 ~/ @9 m8 d
    gmt set MAP_ANNOT_OBLIQUE 0( _% _2 @9 ~/ j" V: G$ _
    gmt subplot begin 2x1 -A+JTL -Fs16c/10c -M0 -R1000/2000/2500/3500 -JX15/13c -B100 -T"Aghulhas Rings"
4 a* i* E5 n: c        gmt subplot set 0,0 -Ce3c4 l* i- _: a, R2 c
        gmt grd2cpt myfile3.nc?Theta -Cjet -Z
& p+ E  _7 @( ?, W! ~$ E# H; J        gmt grdimage myfile3.nc?Theta -I+a90  3 W: r, w' X6 E; s
        gmt colorbar -DJRM+o1.5c/0+mc -I0.3 -Bx2+lTheta -By+ldegree
. g. d! T8 q2 c0 S$ n  j( ^7 A& |+ n3 ~0 O! k
        gmt subplot set 1,0 -Ce3c. i' H6 f# M- P+ D7 l+ Z5 F9 N8 u* t- X
        gmt grd2cpt myfile4.nc?Theta -Crainbow -Z! g7 {$ u9 G7 J' z
        gmt grdimage myfile4.nc?Theta' y4 ~) `8 Q/ d
        gmt colorbar -DJRM+o1.5c/0+e+mc -Bx2+lTheta -By+ldegree
$ n) ^9 j' z% t7 [% K- m2 K    gmt subplot end  q* q2 z4 ~( d! |8 j0 t  Q
gmt end show 6 n6 n) Q4 ~- v, g4 S0 R2 y: s
c8c573203e6afdb5b6b0dd2d6cb60576.png
台湾海域
1c9c67d88f9b8f004fc59c26c772f279.png
下节预告
  • • 范围的筛选
  • • 时间维度的连续导出, b7 d5 f7 o1 @8 Z2 {

1 o1 D( O3 n0 P( f8 m" E
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半座山
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